1910年5月2日：日系アメリカ人協会の中核グループが集まり、子供たちのための日本の教育組織を設立しました。これが金門学園の創設日です。

1911年4月15日：盛大な開校式が行われました。同年10月、木原嘉一郎氏が運営するサンフランシスコの豊明小学校が金門学園と合併しました。

1924年4月16日：カリフォルニア州の法的承認が金門学園/ゴールデンゲート・インスティテュート財団に与えられました。

1926年4月11日：新校舎の盛大な落成式が行われました。金門学園財団記念式典が行われました。

1931年5月12日：高松宮両殿下が訪問し、授業を視察しました。

1933年9月4日：賀陽宮両殿下が訪問し、授業を視察しました。

1935年10月30日：協和学園と合併しました。

1941年12月7日：第二次世界大戦が勃発。1942年1月、敵国外国人一般の避難と拘留が始まり、600人の日本の外交官がモンタナ州に送られ、西海岸に住む約117,000人の日系アメリカ人が2つの収容所に移住したため、金門学園は閉鎖されました。

1948年1月26日：2013年ブッシュストリートの1階を一時的な場所として設立。10月に再開し、新学期が始まりました。学生は主に3世代の日系アメリカ人です。

1956年：北カリフォルニアで日本の映画の上映が人気となり、週末に金門学園ホールが使用されました。

1960年2月23日：皇太子殿下と皇太子妃殿下（現：上皇上皇后両陛下）が訪問しました。

1970年６月：創立60周年を祝いました。

1991年：創立80周年を祝いました。

1992年：湾岸日本語学園協会の研修会が金門学園で開催されました。サンフランシスコ州立大学の三島登志子教授が「外国語としての日本語教授法と日本語学園の現状、副読本の紹介」と題した講演を行いました。

1996年：合同クラスを減らし年齢別から能力別へのクラスを再編成しました。

1996年：湾岸日本語学園協会の研修会が金門学園で開催されました。日本在中者向けの「国語」と外国人のための日本語教科書の使い分けがテーマになりました。

2001年：コンピュータ操作を日本語で指導し、生徒達は、ひらがな・カタカナの入力と漢字返還などを学び、文章作成を楽しみました。

2004年：円心空手富山道場が開設され、生徒達は、気合、正座、型などを指導いただきました。

2004年：湾岸日本語学園協会の研修会が金門学園で開催されました。サンフランシスコ市立大学のグランド文子教授が「カジュアルスピーキング」と題した講演を行いました。

2011年10月：創立100周年を祝い、ホテルカブキで式典を開催しました。その席上、日本政府より「外務大臣表彰」をいただきました。

2019年8月12日：サンフランシスコ市から「レガシービジネス」に指定され、学園の前面に銘板（Plaque）を取り付けていただきました。

2019年10月22日：サンフランシスコしから「ランドマーク（歴史建造物）」に指定されました。

2020年3月〜2022年春：COVID-19 のため、すべての授業をオンラインで行いました。

2022年：全教室に、プロジェクターとスクリーンを設置しました。

2022年秋：COVID-19 鎮静化にともない、対面授業を再開しました。

2023年：早稲田大学の森本豊富教授により、金門学園の歴史資料が調査・発表されました。

2023年11月：APEC 2023 の日本町体験プログラムとして、「俳句の世界と金門学園の歴史」と題したワークショップを行いました。